判断细胞培养基是否长菌（即被污染）主要可以通过肉眼观察和显微镜检查两种方式。以下是具体的判断方法：
肉眼观察
细菌污染：通常在污染后4-6小时，培养基会变得浑浊。有时稍加震荡，便会有很多混浊物漂起。细菌污染爆发非常快，上午染菌，下午或第二天就可能爆发，培养基会变浑浊，并且pH发生很大变化，培养基颜色会变化很大，一般是变黄。
真菌污染：真菌污染一般爆发时间在2-3天。在爆发时，培养基里会有肉眼可见的污染物，培养基也开始变浑浊。真菌污染最短3天才能长出椭圆形的霉斑，霉斑往往会漂浮在培养液表面，随着时间逐步扩大。
显微镜下观察
细菌污染：在显微镜下呈黑色细沙状，或背景有大量黑点。受细菌污染的细胞形态可能会发生改变（如多角、多核等），胞质中产生空泡、细胞漂浮凋亡。
真菌污染：有些真菌呈类似棉花絮状的漂浮物。若是念珠菌会呈卵圆状，在细胞周边生长。早期并不会使得培养基变黄变浑浊，但在显微镜下可观察到菌丝体。真菌形成的菌丝呈丝状，管状，树枝状，串珠状。
其他判断方法
培养基颜色变化：如果培养基不浑浊，有丝状物质可以初步判断是真菌污染。如果培养基不浑浊、没有丝状物质，但是细胞状态变差，生长变慢，在显微镜下观察可能会有小黑点，这可能是细胞凋亡坏死，释放出大量碎片。
